潔凈室的壓差控制方式及其系統的選擇應與要求相適應。
常用的潔凈室壓差控制方式基本是兩類。一類是所謂的靜態控制，即定風量控制，另一類是以“直接壓力”控制的閉環控制系統以及余壓閥控制。
一、定風量控制方式
（一）特點及采用要求
其特點是：在潔凈室門關閉情況下，使送風(新風+回風) =回風+排風+壓差風量，建立壓差值；除壓差風量外，其余各風量都維持一定。
采用前提是：
(1)排風量要求一定，或至少一段時期內是一定的，以后變化時重新調整之；
(2)圍護結構及門要求氣密性好；
(3)采用緩沖室或氣閘，必要時增加其換氣次數，使氣閘較快恢復并保持其要求的潔凈度。它對門開啟時不能保證無反向流。
（二）定風量控制系統
定風量控制有二種系統：
(1)手動控制
人工調整好壓差值后，鎖定送、回、排等風閥，當系統阻力變化時需再重新調整之。常多用于制藥廠有關潔凈室。
(2)定風量閥控制
基本的是在潔凈室的送風管、回風管及排風管上各設定風量閥，亦有只在送風管、排風管上設置，而回風管上不設，當然以前者為好，但投資更大些。
定風量閥為以彈簧及閥體等組成的機械，能對風管內靜壓力的變化由彈簧帶動閥體位移進行補償，使風量維持一定，它對HVAC系統的阻力變化時能自動維持送入風量一定，且風量控制較準確。目前在隔離病房、手術室、實驗室等用得較多。
（三）定風量控制方式的節能措施
(1)為節能定風量閥可以采用雙穩態的，即潔凈室在工作時采用額定風量運行，在不工作時，采用低風量運行以節能，風機可采用雙速或變頻變速風機。雙穩態的設定可以是人工(值班者)設定，亦可以是燈光控制。常在手術室及某些實驗室中采用。
(2)為節能，當前某些制藥廠亦有采用回風與局部排風相聯鎖(一開一關)以維持室內壓差。如室內通風柜或設備的局部排風不工作時，排風閥關閉，此時聯動回風閥開啟，以同等的風量進行聯鎖倒換，以保持室內壓差。此時，宜采用回風風機并是變速的，排風機亦宜是變速的，都可以以各自風管的靜壓來控制風機的轉速。
（四）定風量控制的壓差風量確定
定風量控制時，壓差風量與建筑圍護結構及門等的氣密性有關。基本理論公式是：Q=μA√(2△p÷ρ)m3/s
μ—流量系數
A—有效縫隙面積m2
ρ—空氣密度
△P—壓差Pa
根據試驗歸納的抽象算式(按單位縫隙長度)
Q= a△Pb ?m3/m-8
a，b—與氣密性有關的系數。
以上公式、算式是難于應用的。在工程上主要是按試驗或實踐經驗來處理。國內較推薦的是：
(1)換氣次數法
1~2h-1( △P =5Pa)
2~4h-1?( △P =10Pa)
適用于工業潔凈室，潔凈室面積較大者。
(2)縫隙法
Q=a·z(qL) m3/h
a—1.1~1.2安全系數，視圍護結構氣密性確定。
q—單位長度縫隙的滲漏量(某壓差值時) m3/h·m
二、閉環控制方式
當前工業潔凈室的閉環控制，常采用“直接壓力”控制，即以室內壓差的維持控制新風或回風或排風作為變量。
閉環控制可以應對：
(1)由排風變化引起的壓力波動。
(2)由于門開著引起的反向流。
(3)以及室外風壓并系統阻力引起的壓力波動。
它主要是控制不出現反向流，但對壓力波動會有一定范圍，這對潔凈室已能滿足要求。此控制方式，目前常多用于排風變化的潔凈室以及門啟閉頻繁不宜設緩沖室或氣閘的潔凈室。
（一）常用控制系統
(1)以室內正壓的維持控制新風作為變量。
它適用于一個HVAC系統對一個潔凈室的情況，控制較直接，當有采用新風機組時，一般宜采用變速風機以實現節能，尤其是新風量變化較大時。對循環風機般可以定風量運行，不作自動調節。當前電子工業、半導體、集成電路工廠較多的采用這種控制系統。
(2)以室內壓差的維持控制回風作變量。
一般多適用于一個HVAC系統對多個潔凈室的情況，由于風管布置及接管等情況，控制回風較控制新風更易合理實現。一般情況下，送、回風機或單風機可不作自動調節，新風由系統靜樂及風機特性自行平衡風量，當然必要時，采用自動調節新風閥及風機風量，壓差可更穩定。
(3)以室內壓差的維持控制排風作變量。
較多的用于排風量不變，而對門開啟頻繁為防止門開啟時出現的反向流的控制。它的特點是送、回風系統可以是定風量運行，一般可不設自動調節風機風量的裝置；排風風機則視情況宜采用變速風機以節能。
(4)獨立正壓送風壓差控制系統
主要用于手術室的壓差挖制，正壓新風采用二級過濾后通過調節閥送入各潔凈室，調節閥由室內壓差的維持，調節送入的正壓風量。此系統的正壓風量完全獨立于HVAC系統的風量，易于控制，尤其是對不工作的手術室，只要送入所需壓差風量的正壓新風外，HVAC系統可不工作。獨立正壓風機宜采用變速風機以達節能的目的。
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