醫療企業的凈化空調相比于其他普通空調系統，它的控制要求更為嚴格，不僅對空氣的溫度、濕度和風量有嚴格的要求，還對空氣中所含塵埃粒子數、細菌濃度等具有明確限制，同時還需控制不同等級區域間的壓差，以保證內部潔凈空氣不被污染和交叉污染；為降低污染的風險，無菌軻廠房、生產設施和設備應當根據所生產產品的特性、工藝流程及相應潔凈度級別要求合理設計、布局和使用；通常應當有單獨的物料取樣區，取樣區的空氣潔凈度級別應當與生產要求一致，如在其他區域或采用其他方式取樣，應當能夠防止污染或交叉污染；實驗動物房應當與其他區域嚴格分開，其設計、建造應當符合國家有關規定，并設有獨立的空氣處理設施及動物的專用通道。
在任何運行狀態下，潔凈區通過適當的送風應當能夠確保對周圍低級別區域的正壓，維持良好的氣流方向，保證有效的凈化能力；應當特別保護已清潔的與產品直接接觸的包裝材料和器具及產品直接暴露的操作區域。空調系統控制潔凈環境中的溫濕度、風量、壓差等關鍵參數，因此一個良好的空調系統設計是潔凈環境的基礎保證；房間溫度對于敞開和密閉操作來說都是關鍵參數，許多產品、物料及工藝過程都具有較寬的溫度范圍，但是范圍越寬，他們暴露的時間就越短，如果產品或物料需要存放或暴露較長的時間，那么影響就會顯現；房間的相對濕度會對暴露的產品或物料產生影響并使其吸潮，而對含水分的產品則幾乎沒有影響；無特殊要求時，無菌車間的溫度范圍可控制在18~26℃，相對濕度控制在45%~65%。
非單向流無菌車間在空調系統設計中應用很廣，該送風形式是通過向室內送入足夠量的、經過濾處理的潔凈空氣，與房間內的被污染的空氣不斷的混合，以排除、稀釋室內的污染物，達到降低室內微粒負荷的目的；潔凈送風量必須保證能滿足生產所需的空氣潔凈度，包括為滿足15~20min的自凈時間所需風量；向無菌車間提供的新風量，保證每人不于40m3/H。為防止低潔凈級別房間的氣流污染高潔凈級別房間的氣流，同潔凈級別的房間之間要保持適當的靜壓差；生產區相同級別房間之間同樣也必須設定氣流方向，遵循由核心區向外遞減原理，能有效地降低產品污染的風險。
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